Hela 1940-talet präglades av kriget och dess efterverkningar. Under Vinterkrigets strider tjänade soldathemsystrarna med risk för sitt eget liv, ofta på gränsen till utmattning. Som en följd av Vinterkriget förlorades 50 soldathem antingen på grund av förlorade områden eller i bombningar, värst var situationen vid Ladoga och den östra delen av Finska vikens kust.

När fortsättningskriget inleddes hade soldathemsarbetet organiserats om. Det grundades centrala organ för soldathemmen samt ett centralkontor i Helsingfors som ledde hela verksamheten och koordinerade upphandlingen av varor. Enhetliga soldathemskläder togs i bruk.

När männen år 1940 förflyttades från kasernerna närmare gränsen, rekommenderade Soldathemsförbundets styrelse föreningarna vilka soldathem de kunde stödja. På så sätt skapades det så kallade ”fadderhemssystemet” som användes under krigsåren.

Soldathemsförbundet tog banklån för att kunna köpa ett tiotals baracker för att försäkra soldatshemsverksamheten i gränsområdet.

När männen år 1940 förflyttades från kasernerna närmare gränsen, rekommenderade Soldathemsförbundets styrelse föreningarna vilka soldathem under vilka centrala organ de kunde stödja. På så sätt skapades det så kallade ”fadderhemssystemet” som användes under krigsåren.

Förbundets ordförande Toini Jännes gjorde en stor personlig insats både under vinter- och fortsättningskriget. I juli 1942 var hon på inspektionsresa till soldathemmen vid östgränsen tillsammans med två andra soldathemssystrar, när en fiendepatrull öppnade eld mot deras bil. Alla tre systrar samt de övriga två personerna i bilen dödades.

Ett minnesmärke restes på platsen för partisanangreppet vid Murtovaara ett år efter händelsen, år 1943.

Soldathemsorganisationen fortsatte sin verksamhet även under Lapplandskriget. Soldathemsarbetet upphörde inte ens vid hemtransporten av trupperna, utan då pionjärerna stannade kvar i området för att rensa minor, höll soldathemssystrarna i Koria soldathemmet öppet för minröjarna.