1990-luvun alussa koitti uusi aikakausi. Neuvostoliitto hajosi, kylmän sodan aika päättyi, Suomi liittyi Euroopan Unionin jäseneksi. Puolustusvoimien organisaatiomuutoksen myötä myös sotilaskotityö kohtasi uusia haasteita, kun varuskuntia lakkautettiin.
Vuonna 1994 Sotilaskotiliitto muiden naisvoittoisten maanpuolustusjärjestöjen kanssa kutsuttiin Maanpuolustuskoulutus ry:n jäseniksi. Aina vuoteen 2008 asti miesvoittoisilla järjestöillä oli suurempi painoarvo, kunnes astui voimaan uusi laki vapaaehtoisesta maanpuolustuskoulutuksesta. Tämä korjasi tilanteen.
Naisten Valmiusliitto ry perustettiin vuonna 1997, ja Sotilaskotiliitto oli yksi perustajajäsenistä. Sotilaskotisisarilla on ollut vahva asema tässä naisten vapaaehtoisen työn edunvalvontaelimessä. Kurssitoimintaa alettiin suunnitella ja toteuttaa Maanpuolustuskoulutus ry:n toimiessa käytännön järjestäjänä. Naisten Valmiusliiton usein esiin nostama ajatus on ollut sitouttaa ja varata naisia kriisiajan tehtäviin.
Kaija Vesalan puheenjohtajakautena (1992-1997) otettiin käyttöön Sotilaskotiliiton standaari vuonna 1993, sotilaskotilippu vuonna 1995 ja sotilaskotiansioristi vuonna 1996 sekä sotilaskotijärjestön sisarviiri. Pääesikunnan huolto-osaston kanssa tehtiin kirjallinen sopimus kriisiajan kanttiinipalveluista.
Kansainvälinen yhteistyö oli ollut vähäistä kylmän sodan aikana. Kaija Vesalan ja Eva Lindbladin (1998-2003) puheenjohtajakausina yhteistyötä viriteltiin mm. Ruotsin ja Norjan lottajärjestöjen sekä Viron Naiskodukaitsen kanssa. Myös eurooppalaiseen ECHOS-toimintaan otettiin osaa kymmenien sotilaskotisisarten voimin entisen Jugoslavian alueella.
1990-luvun lopun merkittävä tapahtuma oli Vapaudenristin ritarikunnan suurmestarin myöntämä kunniamerkki keltapunaisine nauhoineen kannettavaksi sotilaskotijärjestön lipussa.
